Millonarios arrancó con el pie equivocado su participación en la Copa Colombia, tras caer en el juego de ida de la fase 3 contra Alianza Petrolera en el estadio Daniel Villa Zapata. Pese a ser solo una desventaja de un tanto, el saldo de los embajadores en el certamen no es el mejor. Pues desde 2011 no ganan el certamen, además, desde la edición 2018, no logran una buena participación, cuando llegaron a las semifinales.
Empezando con la edición del 2020, cuando se disputó a un solo partido, siendo Alianza Petrolera el rival nuevamente, cayeron desde la definición de los penales en los octavos de final, fase a la que entraron, tras su clasificación a la Copa Sudamericana de ese año.
La edición del 2019 tampoco dejó los mejores recuerdos para los que dirigía, en ese momento, Jorge Luis Pinto. Nuevamente, los octavos de final serían la complicación. Derrota 2 a 1 en el Atanasio Girardot contra el Medellín, para luego empatar a dos tantos en el estadio El Campín, en una noche inspirada de Germán Cano en Bogotá.
2018 ha sido la mejor participación de Millonarios en los años recientes de la Copa, pues llegó hasta la semifinal, donde perdió 2 a 1 en el global contra Once Caldas, tras perder por la mínima diferencia en Manizales e igualar a un tanto en Bogotá.
Para la edición 2017, el rival sería un viejo conocido de los embajadores. Junior era el escollo en los cuartos de final. Empate a cero goles en la ida, disputada en el estadio El Campín, dejaba todo a definirse en Barranquilla. Un penalti de Jarlan Barrera sellaría el destino de los dirigidos, en ese entonces, por Miguel Ángel Russo, al minuto 87, antes de irse a la definición de los doce pasos.
Cabe destacar que, desde la edición 2013, los embajadores no alcanzan la final del certamen, cuando cayeron contra Atlético Nacional.