Julio Comesaña vuelve al Independiente Medellín luego de 21 años, siendo esta su cuarta etapa en el club. Justamente e Poderoso fue el primer equipo que dirigió en Colombia (1982-1986). Regresó en 1992 y en el año 2.000 firmó su tercera etapa. Ganó dos ligas con el rojo antioqueño.

Julio Comesaña llegó al Deportivo Cali en 1987 y permaneció una sola temporada, pues al año siguiente partiría rumbo a Paraguay. Regresó en 2012, pero los malos resultados le impidieron estar más de seis meses en el cargo. En total tuvo dos etapas.

Julio Comesaña tiene un idilio total con el Junior de Barranquilla. Ha tenido en total nueve etapas y de ellas sacó cinco títulos: tres ligas, una copa y una superliga. Su paso más reciente por el cuadrotiburón se dio entre 2019 y 2020.

Julio Comesaña tuvo también dos pasos por Santa Fe. Su primera etapa se dio entre 1995-1996 y regresó entre 2003-2004.

Julio Comesaña pasó por Deportes Tolima en 1996. Pero tras algunos meses, abandona el país y ficha por Unión Española de Chile.

Julio Comesaña se hizo cargo del Real Cartagena en el año 2006. En aquella gestión se recuerda su pelea con el también entrenador Jorge Luis Pinto.

Julio Comesaña dirigió al Deportivo Pereira en el 2011, año en que justamente el cuadro matecaña se fue al descenso. Claro está que su salida del equipo no se dio por malos resultados sino por su llegada a la Selección Colombia de la mano de Leonel Álvarez.

Julio Comesaña comandó a Patriotas entre 2013 y 2014.  Renunció al cargo por líos con la parte dirigencial, razón por la cual terminó llegando al Junior días después.