La Copa Libertadores parece un torneo difícil para Luis Fernando Suárez. El técnico colombiano ha participado cuatro veces en este torneo, pero nunca ha podido pasar de la fase de grupos.
Nacional, Cali, Juan Aurich y Junior le ha dado la oportunidad de pelear por el trofeo más importante de clubes en Suramérica, pero el antioqueño no ha podido rendir como lo ha hecho en selecciones y ligas locales.
Su primera participación se dio en el 2000, cuando era técnico de Nacional. Con el verde quedó en el grupo 4 junto a River Plate, Atlas y Universidad de Chile, pero finalizó en el último grupo. Con 7 puntos, el verdolaga se quedó en el fondo, pero los mexicanos (segundos) y los chilenos (terceros) obtuvieron ocho unidades. Los argentinos fueron líderes con nueve unidades.
En el siguiente año, Suárez volvió a la Libertadores, pero con el Deportivo Cali. El azucarero compartió el grupo 8 con Boca Juniors, Cobreloa y Oriente Petrolero, pero terminó en la tercer posición muy cerca de la clasificación. El xeneize barrió y quedó líder con 15 unidades, la pelea con los chilenos estuvo aguerrida, pero ellos fueron segundos con 10 unidades y los vallecaucanos terceros con 9.
Luego de su paso por Ecuador, el antioqueño llegó a dirigir a Juan Aurich de Perú. En 2010 clasificaron a Copa Libertadores y allí quedaron en el mismo grupo con Estudiantes, Alianza Lima y Bolívar. Los argentinos lideraron el grupo con 13 unidades y los limeños fueron segundos con 12. El equipo de Suárez fue tercero, pero con solo 6 unidades.
Aunque aún quedan dos partidos por jugar en esta Copa Libertadores, Junior está eliminado y le debe apuntar a la Copa Suramericana. Sin puntos y sin goles, el equipo rojiblanco es uno de los peores de este torneo y los señalamientos por la mala campaña también apuntan al técnico.