El 'Cápitan Libertador' logró obtener 13 títulos durante su paso por Atlético Nacional, en los que se incluye una Copa Libertadores y una Recopa Suramericana.
En el año 2012 disputaría el primero de los 381 partidos que jugó con Nacional, bajo la dirección de Santiago Escobar.
En el año 2013 logró su primer título de Liga con el cuadro verdolaga, la que sería la primera de tres seguida bajo la dirección de Juan Carlos Osorio.
Bajo la dirección de Reinaldo Rueda se vio la mejor versión de Henríquez con el cuadro verde, llegando a ser fundamental para la obtención de la Copa Libertadores en el 2016.
En el año 2017 lograría alzar otra copa que puso a Nacional en lo más alto del continente, cuando el cuadro verde se quedó con la Recopa Suramericana. Henríquez fue fundamental nuevamente.
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